Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 3 Tahun 2020 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi menyebutkan bahwa dosen yang mengajar di program magister (S2) dan doktor (S3) adalah dosen yang memiliki gelar S3 atau doktor. Ketentuan ini berkaitan erat dengan upaya pemerintah dalam meningkatkan kualitas lulusan dan reputasi perguruan tinggi terutama. Kompetensi dan kualifikasi dosen menentukan kualitas penyelenggaraan pendidikan di perguruan tinggi yang pada akhirnya akan memberikan sumbangan besar pada peningkatan kualitas sumber daya manusia untuk pembangunan nasional yang lebih baik.

Akan tetapi, berdasarkan sumber Pangkalan Data Perguruan Tinggi Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Kemdikbud (https://pddikti.kemdikbud.go.id) menunjukkan bahwa jumlah dosen di Indonesia yang bergelar doktor masih rendah. Pada tahun 2020, jumlah dosen yang berpendidikan doktor sebanyak 42825 orang dari total 294704 dosen di seluruh Indonesia. Sementara itu, jumlah Program Studi Pendidikan IPA di Perguruan Tinggi di Indonesia sejumlah 22 untuk program sarjana, 8 untuk program magister serta 5 untuk program doktor yang sangat membutuhkan dosen dengan kualifikasi doktor pendidikan IPA.

Oleh karena itu, untuk memenuhi kebutuhan dan peningkatan kualifikasi dosen Program Studi Pendidikan IPA maupun yang terkait (Program Studi Fisika dan Biologi) maka diperlukan pengembangan pembukaan program studi doktor pendidikan IPA yang mandiri agar lebih profesional. Selama ini, program doktor pendidikan IPA di UNY sudah dirintis sebagai peminatan dalam program doktor ilmu pendidikan dan telah menghasilkan kurang lebih dari 12 doktor Pendidikan IPA. Selain dosen, guru dan tenaga ahli pendidikan IPA lainnya juga berkesempatan untuk memperoleh pendidikan yang lebih tinggi. Sehubungan dengan hal tersebut, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam berinisiatif mengusulkan program studi baru. Sesuai dengan nomenklatur yang ditetapkan oleh Direktorat Pengembangan Kelembagaan, Direktorat Pendidikan Tinggi, Kemdikbud, nama program studi yang diusulkan adalah Doktor Pendidikan IPA.

Usulan yang diajukan mendapatkan respon positif, sehingga penyelenggaraan S3 Pendidikan IPA FMIPA UNY dapat mulai dilaksanakan. Hal ini tertuang dalam SK yang diterbitkan pada tanggal 27 Desember 2021 yang berupa "KEPUTUSAN MENTERI PENDIDIKAN, KEBUDAYAAN, RISET, DAN TEKNOLOGI REPUBLIK INDONESIA - NOMOR 565/E/0/2021 - TENTANG IZIN PEMBUKAAN PROGRAM STUDI PENDIDIKAN IPA PROGRAM DOKTOR PADA UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA DI YOGYAKARTA".

Berdasarkan surat keputusan tersebut, Prodi S3 Pend. IPA UNY mulai menerima mahasiswa baru Angkatan Pertama pada Masa Penerimaan Intake Bulan Februari Tahun 2022. Alhamdulillah, sebanyak 7 mahasiswa baru telah terdaftar sebagai mahasiswa Angkatan Pertama tersebut.